Okulumuz 1950- 1951 Eğitim Öğretim yılında ' Suşehri Ortaokulu ' olarak eski Halk Eğitim binasında Eğitim Öğretime başlamıştır.
1952- 1953 Eğitim Öğretim yılından itibaren Şirinçayır mevkiinde yapılan binada Eğitim Öğretime başlamıştır.
1965 yılında Ortaokula dayalı yeni ' Suşehri Özel Lisesi ' açılır. Bu lise 1966 – 1967 Eğitim ve Öğretim yılında Milli Eğitim Bakanlığı tarafından Resmi Lise haline getirilir. Öğretimine 1975 yılına kadar eski orta okul binasında devam edilir.
1975 yılında Milli Eğitim Bakanlığı tarafından yaptırılan bugünkü modern binasına taşınır. Eğitim ve Öğretim faaliyetlerine 1999 yılı ortasına kadar bu binada devam edilir. 1999 yılında 8 yıllık kesintisiz ilköğretim uygulamasına başlanılmasından dolayı İlçemiz merkezinde İlköğretim okuluna ihtiyaç hasıl olmuştur. Yalnızbağlar Mahallesine Milli Eğitim Bakanlığınca yeni ilköğretim okulu yapılması sonucu bazı okullarımızın İlçenin ihtiyacına cevap verecek şekilde yeniden yerleşimi valilik makamının 07. 10 .1999 Tarih ve 708/2950 Sayılı İlçe Milli Eğitim Müdürlüğünün yazıları ile teklif edilmiştir.
Yapılan bu teklif valilik makamının 19.10.2005 tarih ve 708/36806 Sayılı yazıları ile onaylanarak uygulamaya konulması ise yive valilik makamının 22.10.2005 Tarih ve İl Milli Eğitim Müdürlüğünün 701 / 37518 Saylı yazıları ile bildirilmiştir. Bu nedenle Suşehri lisesi , Taçköprü Mahallesi Orman İşletme Şefliği yanına yapılan Yeni Kız Meslek Lisesi binasına binalarda sökme , yıkım yapmadan , kullanıla bilecekleri demirbaş malzemeleri ile binalarda hasar oluşturmadan itinalı olarak alarak 28 . 12 . 1999 Tarihine kadar nakledilme işlemi gerçekleştirilmiştir. Şuan ki Suşehri Çok Programlı Anadolu Lisesi ihtiyaca binası ihtiyaca cevap vermekten çok uzaktır. Bundan dolayı İlçe Milli Eğitim Müdürlüğümüz Bakanlığımızla istişare içerisinde olmak üzere İlçemiz Keşişpınarı Mevkiinde 10 Dönümlük bir arazi üzerine Suşehri Lisesi yeni inşaatını yapılabilmesi için vereselerden satın alma ve istimlak işlemleri yürütülmektedir.
2012 – 2013 Eğitim Yılı itibari ile Okulumuza Fatih Projesi kapsamında bilgisayar etkileşimli akıllı tahtalar kurulmuş öğrenci ve öğretmenlerimizin hizmetine sunulmuştur. 2012 – 2013 Eğitim Öğretim yılında ise internet alt yapı kurulum çalışmaları başlatılmıştır.
25. 08. 2013 tarihli Bakanlık onayı ile Genel Liseler kapatılarak Okulumuz Çok Programlı Liseye dönüştürülmüştür. 2014- 2015 Eğitim öğretim yılında ise Suşehri Çok programlı Anadolu Lisesi adını almıştır. Okulumuzda Anadolu bölümü ve Anadolu meslek bölümünde Eğitime devam etmektedir. Okulumuz 2018 Eylül ayında yeni yapılan 12 derslikli okul binasına taşınmıştır. Okulumuza bağlı olan 200 kişilik Erkek Pansiyonu ile aynı bahçe içerisinde bulunmaktadır.